如东县中医院肛肠科是南通市目前唯一的省级肛肠中医重点专科、南通市结直肠肿瘤筛查基地、便秘治疗中心、炎症性肠病诊疗中心。科室年门诊量达1.2万人次。现有肛肠专科医生10名，其中高级职称医师5名，市级名中医1名。

科室将无痛微创为切入点，以中西医结合的专科疗法为抓手开展痔疮、肛瘘、肛周脓肿、肛裂、直肠粘膜脱垂、便秘、炎症性肠病、盆底疾病等疾病的治疗，疗效显著。同时在南通市率先开展肛管测压、生物反馈、磁疗、结肠运输试验等无创检查，极大提高了便秘的系统化诊疗水平。

在痔疮的无痛微创治疗方面，科室广泛开展平衡镇痛、续断镇痛、PPH、TST、RPH、STARR、痔动脉结扎、泡沫硬化剂注射等手术方法，能显著减轻术后疼痛，缩短患者住院时间，尤其适用于高龄及不能耐受常规手术的患者。做到了治痔全程无痛的治疗效果，获得了患者一致好评。

在总结治疗经验的基础上，科室研制有瘘痔消洗剂、痔得宁栓、通便胶囊、炎宁灌肠液、仙桔汤等院内制剂和协定处方，疗效得到了群众的认可。完成科研课题8项，论著3篇，专利2项。