1958年8月建院时，设门诊、针灸两科室，职工12人。

1959年8月，更名为“如东县中医院”。

1975年10月医院搬迁至如东县掘港镇江海中路50号。病床增加到100张。

1995年2月，核定床位增加至160张。同年12月，被评定为“二级甲等中医院”。

1996年2月，核定床位增设至200张。9月，核定为“爱婴医院”。12月，经江苏省教委核定为“江苏省高校实习基地”。

2010年，核定医院床位增至300张。通过二级甲等中医医院复核评审。

2014年9月，核定医院床位增至400张。

2015年7月，核定医院床位增加至800张。

2017年7月，整体搬迁至如东经济开发区淮河路66号。同年6月被评定为三级乙等中医医院。

2021年，成立周仲瑛国医大师传承工作室如东县中医院工作站，三级公立中医医院绩效考核（国考）江苏省排名14名，南通市县级中医院排名第一，医保运行效率在南通医保数据中排名第一。

2023年1月，院党委正式启动三级甲等中医院创建工作，更好地为如东百万群众健康事业保驾护航。